Był synem Dawida Morgensterna i Estery z domu Druks. Młodość spędził na Podolu, gdzie zdał maturę. Przed wojną chodził do gimnazjum w Przeworsku, gdzie zamieszkiwał brat jego matki. Po wojnie podjął studia na Wydziale Reżyserii PWSFTviT w Łodzi, które ukończył w 1954 roku. Na początku kariery był asystentem reżysera w filmach Wandy Jakubowskiej i Andrzeja Wajdy (Kanał).

Był II reżyserem w filmach Lotna, Pokolenie oraz Popiół i diament. Jako reżyser zadebiutował filmem Do widzenia, do jutra.

Największy rozgłos przyniosły mu oryginalne współczesne dramaty, poruszające problemy młodych ludzi: Do widzenia, do jutra, Jowita, Trzeba zabić tę miłość.

Wielką popularnością cieszyły się również zrealizowane przez niego pod koniec lat 60. seriale telewizyjne Stawka większa niż życie i Kolumbowie oraz późniejsze Polskie drogi.

Reżyserował też szereg spektakli Teatru Telewizji (m.in. Arszenik i stare koronki na podstawie sztuki Josepha Kesselringa). Od 1990 roku pracował jako producent filmów. W 2004 Antoni Krauze stworzył filmowy portret Morgensterna zatytułowany Ćwiczenia z niepamięci.

W 1997 roku otrzymał Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski. W 2005 Złoty Medal "Zasłużony Kulturze Gloria Artis" W 2008 roku otrzymał Orła w kategorii osiągnięcia życia (przyznawane za całokształt).