Do reprezentacji Polski trafił w 1951. Trenował pod opieką Jana Mulaka, jednego ze współtwórców potęgi polskiej lekkoatletyki, słynnego wunderteamu. Na swoich pierwszych igrzyskach olimpijskich w 1956 zajął w biegu na 10 km miejsce tuż za podium. Na Mistrzostwach Europy w Sztokholmie w 1958 triumfował na dwóch dystansach - 5 i 10 kilometrów. Rewelacyjny występ w Sztokholmie sprawił, że w prestiżowym plebiscycie "Przeglądu Sportowego" został wybrany najlepszym sportowcem Polski w 1958. W 1960 podczas meczu Polska-ZSRR w Tule ustanowił rekord świata w biegu na 3000 m z przeszkodami (8.31,04), odbierając go innemu Polakowi Jerzemu Chromikowi. Podczas igrzysk olimpijskich w Rzymie w 1960 zdobył złoty medal na 3000 m z przeszkodami, wyprzedzając na ostatniej przeszkodzie Rosjanina Nikołaja Sokołowa. W 1961 w Wałczu ponownie poprawił rekord świata na 3000 m z przeszkodami, osiągajac czas 8.30,4. Zdzisław Krzyszkowiak był także 13-krotnym mistrzem Polski na 5000 m, 10000 m, 3 km z przeszkodami i w biegach przełajowych na 3 i 6 km (1954-1962). Rekordy życiowe: · 3000 m – 7.58,2, · 5000 m – 13.51,6, · 10 000 m – 28.52,4, · 3 km z przeszkodami – 8.30,4.